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Un team di ricercatori italiani ha creato un software che rende semplice sequenziare i virus. È accessibile a tutta la comunità scientifica.
Da poco tempo è disponibile un nuovo software che facilita l’analisi del genoma del Sars-CoV2, il patogeno che causa il COVID-19. Dietro il suo sviluppo un team di ricercatori dell’Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ibiom) di Bari, dell’Università Aldo Moro di Bari e del Dipartimento di bioscienze dell’Università Statale di Milano.
La piattaforma è accessibile senza alcun tipo di vincolo o restrizione e rappresenta un utile strumento per analizzare le “varianti” del genoma del virus, con potenziali implicazioni anche per lo sviluppo di terapie e vaccini. Lo studio è pubblicato sulla rivista Bioinformatics.
Le ragioni che hanno portato alla creazione del software
Durante la pandemia i ricercatori nel mondo hanno sequenziato e pubblicato più di 400 mila sequenze genomiche appartenenti a differenti ceppi del patogeno isolati in diverse regioni del mondo.
L’analisi di questa mole di dati ha richiesto lo sviluppo di nuovi strumenti e metodi informatici dedicati. Per contribuire a rispondere a queste esigenze, gli autori dello studio hanno sviluppato CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool). Si tratta di uno strumento dotato di un’interfaccia web, cosa che ne facilita l’utilizzo, e soprattutto è accessibile a tutta la comunità scientifica.
“CorGAT consente di confrontare le sequenze di uno o più virus in pochi secondi”. In particolare “è in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali”, afferma Graziano Pesole del Cnr-Ibiom. Lo strumento serve ad incorporare la maggiore quantità di informazioni possibile e integra, inoltre, una serie di risorse e sistemi originali per l’annotazione del genoma.
Un utile strumento per monitorare le mutazioni del virus e sviluppare meglio vaccini e terapie
Applicando CorGAT a più di 50.000 sequenze genomiche, gli autori dello studio sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive di SARS-CoV-2.
La rapida identificazione di ceppi virali emergenti o di varianti genetiche potenzialmente associate a nuove caratteristiche è uno degli obiettivi più importanti della “sorveglianza genomica”. Lo studio del genoma dei patogeni si applica, ad esempio, per l’identificazione e caratterizzazione delle cosiddette “nuove varianti del virus”, venute recentemente alla ribalta. “La sorveglianza genomica rappresenta una delle prime linee di difesa per il controllo della diffusione dei patogeni umani”. Inoltre “è una risorsa fondamentale per lo sviluppo di terapie e vaccini”, conclude il ricercatore Cnr-Ibiom.
Dove trovare CorGAT e dettagli tecnici
CorGAT è liberamente accessibile da corgat.cloud.ba.infn.it/galaxy e viene aggiornato costantemente, per offrire informazioni sempre più accurate e precise.
