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La prima "foto" del DNA in 3D Stampa E-mail

DNA_3D-thumb.jpgEcco la prima «fotografia» della struttura tridimensionale del DNA, cioè la forma che assume la lunghissima doppia elica depositaria nel ripiegarsi su se stessa per occupare lo spazio ridottissimo, appena un centesimo di millimetro di diametro, del nucleo della cellula.

L'ha "scattata", ovvero ricostruita al computer, un gruppo di ricercatori ricercatori della Harvard University di Boston e del Massachusetts Institute of Technology che nell'articolo pubblicato sulla rivista Science in cui è mostrata in anteprima, spiegano come il Dna si attorcigli a formare un frattale (oggetto geometrico la cui struttura è la ripetizione di una forma su scale diverse) a forma di globulo. "Metà del globulo - si legge - è formata dai geni in un certo momento in funzione nella cellula, l'altra dai geni momentaneamente spenti e i filamenti di Dna sgusciano da una parte all'altra del frattale quando si devono attivare altri geni e spegnere quelli fino a quel momento accesi."

A me sembra bellissima anche se in realtà è un "artefatto". Comunque, per quanto esteticamente piacevole, l'aspetto più importante di questa ricostruzione grafica è il lavoro che ci sta dietro perché ha permesso di capire che la struttura «3D» della doppia elica ha un'utilità funzionale ben precisa e non meno importante della sequenza e quindi della struttura lineare del DNA.

Science_frattale.gif Conoscere la sequenza del genoma non è insomma sufficiente. "Non basta sapere qual è la struttura a «una dimensione» del genoma, ossia la sua sequenza di codice, per capire come funziona. - dicono ora i ricercatori  - Infatti la struttura in 3D è fondamentale per regolare l'attività dei geni: quando una porzione di Dna è snodata, è accessibile al macchinario per far funzionare i geni, altrimenti questi restano spenti. Il Dna contiene una quantità enorme di informazione, miliardi di volte maggiore di quella contenuta nel chip di un computer", ha spiegato Job Dekker che ha diretto lo studio, "ma finora non era chiaro come tutta questa informazione riuscisse a stiparsi nello spazio ridottissimo del nucleo e, allo stesso tempo, a funzionare".

La chiave per scoprirlo è stata usare una tecnica chiamata «Hi-C» che consiste prima nell'appiccicare tra loro i pezzi di DNA vicini nel nucleo e poi nel tagliuzzare questa matassa in milioni di pezzi, un puzzle che poi, ricostruito al computer, ha presentato la struttura di frattale.

"La natura - rilevano gli esperti - ha dunque scelto per l'architettura del DNA il frattale, col doppio pregio di impacchettare una grossa quantità di materiale in poco spazio e farla allo stesso tempo funzionare".

Nella seconda immagine la copertina di Science realizzata da Leonid A. Mirny e Erez Lieberman-Aiden per rappresentare la curva di Hilbert, una traiettoria frattale unidimensionale che riempie fittamente uno spazio multidimensionale senza mai incrociare se stessa, analoga a quanto osservato ora dai ricercatori per il DNA.

 

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